L’organe suprême de la FSCI est l’Assemblée des délégué-e-s. Les délégués et déléguées décident des affaires statutaires, votent les résolutions et les motions et élisent les membres des divers organes de la FSCI.
L’Assemblée des délégué-e-s AD se compose des délégués et déléguées des différentes communautés membres. Chaque communauté membre a droit à un certain nombre de délégués et déléguées en fonction du nombre de ses propres membres. L’AD ordinaire se réunit une fois par an et détient les compétences que lui confèrent le Code civil CC et les statuts. En particulier, les délégués et déléguées statuent sur les rapports annuels, les comptes annuels, le montant de la cotisation annuelle, la levée de contributions extraordinaires, l’élection des membres aux organes de la FSCI, l’admission et l’exclusion de communautés membres et la modification des statuts. En outre, l’AD décide des motions des organes ou des membres et prend acte du budget.