Le siège et le bureau de la FSCI se trouvent à Zurich. L’équipe du bureau est responsable de la mise en œuvre opérationnelle des tâches de la Fédération.
La FSCI est organisée en association et dispose d’un bureau à Zurich dont la mission consiste à traiter les affaires de la Fédération au niveau opérationnel. La direction du bureau et la conduite de ses collaborateurs et collaboratrices incombent au secrétaire général. Lui est subordonnée l’équipe du bureau, c’est-à-dire une petite douzaine de personnes, s’occupant de plusieurs départements : administration, éducation et prévention, communication, culture, politique & analyse et sécurité.